MongoDBのオブジェクトを部分的に更新して、新しいオブジェクトが既存のオブジェクトとオーバーレイ/マージされるようにするにはどうすればよいですか？

自分の関数で解決しました。ドキュメント内の指定されたフィールドを更新する場合は、明確に対処する必要があります。

例：

{
    _id : ...,
    some_key: { 
        param1 : "val1",
        param2 : "val2",
        param3 : "val3"
    }
}

param2のみを更新する場合は、次のようにするのは誤りです。

db.collection.update(  { _id:...} , { $set: { some_key : new_info  } }  //WRONG

使用する必要があります：

db.collection.update(  { _id:...} , { $set: { some_key.param2 : new_info  } } 

だから私はそのような関数を書きました：

function _update($id, $data, $options=array()){

    $temp = array();
    foreach($data as $key => $value)
    {
        $temp["some_key.".$key] = $value;
    } 

    $collection->update(
        array('_id' => $id),
        array('$set' => $temp)
    );

}

_update('1', array('param2' => 'some data'));