あなたの質問への答えはあなたが期待するよりももっと複雑です！複雑な主な理由は、歴史的な理由から（残念ながら）、さまざまなドライバーがさまざまなバイト順序を使用してUUIDをデータベースに書き込んだことです。使用しているドライバーについては言及していませんが、例としてC＃ドライバーを使用します。
次のコードを使用してドキュメントを挿入するとします。
var guid = new Guid("00112233-4455-6677-8899-aabbccddeeff");
collection.Insert(new BsonDocument {
{ "_id", guid },
{ "x", 1 }
});
次に、Mongoシェルを使用してドキュメントを調べると、次のようになります。
> db.test.findOne()
{ "_id" : BinData(3,"MyIRAFVEd2aImaq7zN3u/w=="), "x" : 1 }
>
Mongoシェルには、16進数と呼ばれる組み込み関数があり、これを使用して2進値を16進文字列として表示できます。
> var doc = db.test.findOne()
> doc._id.hex()
33221100554477668899aabbccddeeff
>
注意深く見てください。16進文字列のバイト順序が、C＃プログラムで使用されている元のUUID値と一致していません。これは、C＃ドライバーがGuidクラスのMicrosoftのToByteArrayメソッドによって返されるバイト順序を使用するためです（これは悲しいことに、奇妙な順序でバイトを返しますが、この事実は何ヶ月も発見されていませんでした）。他のドライバーには独自の特異性があります。
これを支援するために、MongoシェルにロードできるJavascriptで記述されたいくつかのヘルパー関数があります。それらはこのファイルで定義されています：
https://github.com/mongodb/mongo-csharp-driver/blob/master/uuidhelpers.js
Mongoシェルは、コマンドラインでファイルの名前を（--shell引数とともに）指定することで、起動時にファイルを処理するように指示できます。このファイルをロードすると、UUIDであるBinData値を作成および表示するための多数のヘルパー関数にアクセスできるようになります。例：
C:\mongodb\mongodb-win32-x86_64-2.0.1\bin>mongo --shell uuidhelpers.js
MongoDB shell version: 2.0.1
connecting to: test
type "help" for help
> var doc = db.test.findOne()
> doc._id.toCSUUID()
CSUUID("00112233-4455-6677-8899-aabbccddeeff")
> db.test.find({_id : CSUUID("00112233-4455-6677-8899-aabbccddeeff")})
{ "_id" : BinData(3,"MyIRAFVEd2aImaq7zN3u/w=="), "x" : 1 }
>
この例では、toCSUUID関数を使用してBinData値をCSUUIDとして表示し、CSUUID関数を使用してC＃ドライバーのバイト順序規則を使用してUUIDのBinData値を作成し、UUIDでクエリを実行できるようにします。他のドライバー（toJUUID、toPYUUID、JUUID、PYUUID）にも同様の機能があります。
将来的には、すべてのドライバーが標準バイトオーダーの新しいバイナリサブタイプ4で標準化される予定です。それまでの間、使用しているドライバーに一致する適切なヘルパー関数を使用する必要があります。