エラー：updateOneを実行する場合、更新操作ドキュメントにはアトミック演算子が含まれている必要があります

2番目のパラメーターの構文が間違っています。ドキュメントを確認してください。次のようになります：

db.c20160712.updateOne(
    { "Attribute" : "good" }, 
    { $set: {"Type" : "DVD", "Title" : "Matrix, The", "Released" : 1999, "Genre" : "Action" } },
    { upsert: true }
);