IDに基づいて配列オブジェクトを更新しますか？

$を使用できます これを行うための位置演算子：

db.soup.update(
    {_id: ObjectId("50b429ba0e27b508d854483e"), 'array.id': '2'}, 
    {$set: {'array.$.letter': 'c'}})

$ 更新オブジェクトでは、arrayの最初の要素のプレースホルダーとして機能します クエリセレクターと一致させます。