存在しない場合は挿入する方法、そうでない場合はmongoengineで更新する方法は？

get_or_createに注意してください MongoDBでトランザクションがサポートされていないため、原子性を保証できないため、現在は非推奨になる予定です。

推奨される方法は、アップサートで更新することです：

Location.objects(user_id=user_id).update_one(set__point=point, upsert=True)

MongoDBドキュメントのアップサートの詳細。