MongoDB-集計を使用して配列をアンワインドし、重複を削除します

$ addToSetを使用してこれを行うことができます：

db.users.aggregate([
  { $unwind: '$data' },
  { $group: { _id: '$_id', data: { $addToSet: '$data' } } }
]);

実際のクエリを見ずに、より具体的な答えを出すのは難しいです。