MongoDBを使用したMapReduceは、非常に低速です（同等のデータベースの場合、MySQLでは30時間対20分）

私は実際にこれと非常によく似た質問に以前に答えました。 MongoDBでのMapReduceの制限については、前に概説しました。おっしゃるように、シングルスレッドであり、Java Script（spidermonkey）に変換して戻す必要があります。

そのため、他のオプションがあります：

1. MongoDB Hadoopコネクタ（公式にサポートされています）
2. 集約フレームワーク（2.1以降が必要）

この記事の執筆時点では、2.2.0の安定版リリースはまだリリースされていませんが、RC2までであったため、リリースが間近に迫っています。このタイプのテストのより意味のある比較として、試してみることをお勧めします。