Fedora 20でうまくいったこと：起動するたびに一時ディレクトリを作成する必要があり、それはsystemd-tmpfilesによって処理されます。したがって、ファイル/lib/tmpfiles.d/mongodb.confを作成し、その中に1行入れます。
d /var/run/mongodb 0755 mongod mongod
それは再起動時にそれを処理するようです。すぐに再起動したくない場合は、次のコマンドで実行できます。
sudo systemd-tmpfiles --create mongodb.conf
（systemd-tmpfilesのマニュアルページを参照してください）