印刷するには、DBRefコーデックをインポートする必要があります。ドキュメントjsonスタイルで使用する場合は、DBRef用に独自のコーデックを記述してJson()に指定するコーデックに追加する必要があります。
例:
CodecRegistry codecRegistry = MongoClientSettings.getDefaultCodecRegistry();
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final DocumentCodec codec = new DocumentCodec(codecRegistry, new BsonTypeClassMap());
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System.out.println(document.toJson(codec));