以下の集計を試すことができます。
オブジェクトをキーと値のペアの配列に変換し、続いて$ unwind + $ groupを変換して各キーでグループ化し、カウントを累積します。名前付きKeyValueオブジェクトに戻るための最後のステップ。
db.colname.aggregate([
{"$addFields":{"metrics":{"$objectToArray":"$metrics"}}},
{"$unwind":"$metrics"},
{"$group":{
"_id":{"id":"$player_id","key":"$metrics.k"},
"count":{"$sum":"$metrics.v"}
}},
{"$group":{
"_id":"$_id.id",
"metrics":{"$mergeObjects":{"$arrayToObject":[[["$_id.key","$count"]]]}}
}}
])