検索語として参照オブジェクト自体ではなく、参照オブジェクトのIDを使用して、これを修正しました。
$_repo->findOneByCustomer($customer->getId());
編集:それは例外をスローしていませんが、実際には何も返していません。いくつかの場所で提案されているように、新しいMongoId($ id)を使用してみました(DoctrineMongoDBはidで検索 )、しかしそれもうまくいきませんでした。最後に、完全なクエリビルダーで、参照で検索するものを見つけました(注:これは、オブジェクトのIDではなくオブジェクトを使用します)。
$dm->createQueryBuilder()->find('CantaoCustomerBundle:CustomerTags')
->field('customer')->references($customer)
->getQuery()->execute();
これは(最初に行ったように)もっと簡単に行う必要があるように感じますが、この修正は私にとってはうまくいきます。