マングースエラー：__vと__vを同時に更新することはできません

_id関連の削除ロジックをマングースモデルのスキーマ定義ファイルに入れることをお勧めします：

var UserSchema = new mongoose.Schema(fieldDefinitions);

// Ensure virtual fields are serialised.
UserSchema.set('toJSON', {
    virtuals: true
});

// Ensure able to see virtual fields output when using console.log(obj)
UserSchema.set('toObject', {
    virtuals: true
});

UserSchema.options.toJSON = {

    transform : function(doc, ret, options) {

        console.log('--> ' + require('util').inspect( ret._id.id ));

        ret.id = ret._id.id;
        delete ret._id;
        delete ret.__v;

        return ret;
    },
    virtuals: true
};

次に、コールバックでtoJSONを実行します：

var processedJson = resultDoc.toJSON();

再利用可能なロジックをうまく隠す処理済みバージョンを取得します。
注：toJSON（）もJSON.stringify（）によって魔法のように実行されます