バージョン3.2の時点で、MongoDBには組み込みのcronjobシステムがありません（TTLインデックスの自動削除ジョブを除きますが、これらはこの問題の解決には役立ちません）。
つまり、外部ツールを使用して、クエリをパラメータとしてmongoシェルを起動する必要があります。これに利用できるツールは無数にあり、いくつかはすぐに使用できるすべての一般的なオペレーティングシステムに組み込まれ、いくつかはサードパーティツールの形式になっています。すべてをリストするにはオプションが多すぎます。どれが最適かは、ITインフラストラクチャとシステム管理者が何を好むかによって異なります。