ObjectIDを保存している場合 、埋め込まれたドキュメントではなく、populate()を使用する必要があります 参照されるオブジェクトを取得する関数：
Phone.find({number : "12345678"}).populate('subdomain_id').run (err, phones) ->
for phone in phones
console.log phone
https://mongoosejs.com/docs/populate.html