MongoMapper自体ではこれを実行できないと思うので、これを実行するにはrubyドライバーにドロップダウンする必要があると思います：
subscribedToThread = Comment.collection.distinct("user_id", {:subscribe_thread => 1})
モデルでcollectionメソッドを呼び出すと、Rubyドライバーによって直接提供されるコレクションが返されるため、以下の構文を使用して個別のクエリを発行できます。
collection.distinct(key, query = nil)
詳細については、こちら をご覧ください。