そのクエリプランを変更するには、このようなインデックスを使用できるフィルタを追加する必要があります。たとえば、すべての操作でFETCHステージが削除されるわけではありません。 $existsが機能していないようです：
db.coll.find({ _id: { $ne: 0 }, { _id: 1 }) // works for ObjectIds
この説明の一部は、ドキュメント> ：
フィルタなしでそれをサポートするJIRAリクエストを見たのを覚えているようですが、どのチケットがあったのか思い出せません...