@Qualifierの問題

これを試してください：

public class MongoDbConfig {
    @Bean(name = {"sourceTemplate", "mongoTemplate"})
    public MongoTemplate getSourceTemplate() {
        MongoTemplate mt = new MongoTemplate(getMongoDbFactory(sourceServers, sourceDatabaseName));
        return mt;
    }

    @Bean(name="destinationTemplate")
    public MongoTemplate getDestinationTemplate() {
        MongoTemplate mt = new MongoTemplate(getMongoDbFactory(destinationServers, destinationDatabaseName));
        return mt;
    }
}

public class SourceDaoImpl implements SourceDao {
    @Autowired
    @Qualifier("sourceTemplate")
    private MongoOperations mongoOps;
}


public class DestinationDaoImpl implements DestinationDao {
    @Autowired
    @Qualifier("destinationTemplate")
    private MongoOperations mongoOps;
}

更新

実際の方法：

@Bean
    @ConditionalOnMissingBean
    public GridFsTemplate gridFsTemplate(MongoDbFactory mongoDbFactory,
            MongoTemplate mongoTemplate) {
        return new GridFsTemplate(
                new GridFsMongoDbFactory(mongoDbFactory, this.properties),
                mongoTemplate.getConverter());
    }

MongoDataAutoConfigurationで 「mongoTemplate」という名前のMongoTemplateのBeanが必要ですが、これは見つかりません。代わりに、独自の2つの他のBean「sourceTemplate」と「destinationTemplate」を定義しました。

これで問題は解決すると思います！