このdb.eval->array.pushが特定のレコードに対して2回実行されるのはなぜですか？

あなたの種類のために：

 db.companies.find({exchange: 'OTC'})

これは自然な並べ替えであり、これらの1,100の更新が行われていない可能性が高いため、一部のドキュメントがデフォルトの並べ替え順序であるMongoDB内部リンクリストの最後に移動します。そのため、重複したドキュメントを取得しています。

クエリを_idなどで並べ替えます。