私は特にMongoDBに精通していません。一般に、データベースへの接続を開くことは比較的遅い操作であり、システムリソースを占有します。これがあなたの場合に問題になるのに十分かどうかは言えません。
ユーザーごとに異なるデータベースを使用すると、複数のユーザーのデータにアクセスするクエリを実行することが困難になります。たぶん、これを行う必要はありません。
それでも、個別のデータベースを作成するよりも、各レコードにユーザーIDを入れる方が、一般的にははるかに簡単だと思います。個別のデータベースの利点は何ですか？さて、ユーザーを削除するということは、「データベースを削除する」という意味です。ただし、単一のデータベースからユーザーを削除するということは、「user=?であるtableXから削除する;user=？であるtableYから削除する」という意味である必要があります。あなたが持っているどんなに多くの関連するテーブルのための等。数百だとは想像できませんよね？たぶん半ダース行かそこら？