数十億のレコードを集約するときに開いているファイルのエラーが多すぎる場合の修正方法

あなたは非常に重いことをしているので、これに対する明確な答えはありませんが、回避策は利用可能です

ulimit はunix/linuxのコマンドで、すべてのプロパティにシステム制限を設定できます。

あなたの場合、あなたは最大を増やす必要があります。番号。開いているファイルの数を数えるか、安全側で無制限にします（MongoDBでも推奨されています）

ulimit -n <large value in your case 1000000>

or 

sysctl -w fs.file-max=1000000

and

/etc/security/limits.conf or /etc/sysctl.conf:
change 

fs.file-max = 1000000