コレクションを保存しているときに、MongoDBが長すぎて127バイトの制限を超えるインデックス名を作成しています。これを解決する方法。インデックス作成を無効にできますか？

インデックス名をパラメータとして渡して、ensureIndexを作成できます：

db.collection.ensureIndex({"birds.parrots.macaw.blue.id": 1}, {name:"myIndex1"});

db.collection.ensureIndex({"birds.parrots.macaw.blue.id": 1, "field2": 1}, {name:"myIndex1"});