MongoDBは、サブドキュメントからサブドキュメントドキュメントを削除します

配列からアイテムを削除するには、$pull操作を使用する必要があります。

        var query = Query.And(Query.EQ("_id", applicationId),
                         Query.EQ("Settings.Key",  "ImportDirectory"));
        var update = Update.Pull("Settings.$.Overrides", new BsonDocument(){
            { "Name", "PathDirectory" }
        });
        database.Applications().Update(query, update);