MongoDBには、単純なプロファイラーが含まれています。こちらをご覧ください： http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+プロファイラー
プロファイリングレベルを2に設定すると、すべてのクエリが「system.profiler」コレクションに書き込まれるため、確認することができます。プロファイリングレベルを1に設定すると、遅いクエリのみが書き込まれます（デフォルトでは、これらは100ミリ秒より遅いクエリとして定義されていますが、これは構成可能なパラメーターです）。
遅いクエリを診断するには、「説明」機能も非常に役立ちます。こちらをご覧ください
どのクエリが遅いかがわかったら、explainを使用して、データベースが使用している（または使用していない）インデックスを特定できます。