findOneAndUpdate()関数を直接使用して、ユーザープロファイルを更新できます。以下のようにしてみてください:
const express = require('express');
const router = express.Router();
const { ensureAuthenticated } = require('../config/auth');
const mongoose = require('mongoose');
const User = require('../models/User');
router.post('/', ensureAuthenticated, (req, res) => {
User.findOneAndUpdate({_id:req.user.id},{name: req.body.name},{new: true},(err,doc)=>{
console.log('#### Updated Record ####',doc);
res.redirect('/profile');
});
});
module.exports = router;