現在、ObjectIdではなく文字列に基づいて更新しようとしています。
クエリを作成するときは、必ず文字列から新しいObjectIdを初期化してください:
mongoDB.getCollection("restaurants").updateOne(
new BasicDBObject("_id", new ObjectId("56110fe1f882142d842b2a63")),
new BasicDBObject("$set", new BasicDBObject("zipcode", "10462"))
);