パイプラインに$groupステップを追加する必要があります。
groupの_idは、合計するものになります(この場合、総計が必要なため、定数です)。請求書のリストを保持したいので、$push演算子を使用してそれらを配列フィールドに蓄積できます。合計と数量の合計は$sumで処理されます。
{$group : { _id : 1,
Total : { $sum : "$total" },
ItemCount : { $sum : "$qty" },
Invoices : { $push : { id : "$_id", created : "$created" }}
} }