_.mergeは、更新する代わりにサブドキュメントを複製します

_.extendを使用してみてください または _.assign 代わりに：

var updated = _.assign(entry, req.body);

この回答 ShitalShahによると、mergeとextendの違いが強調されており、mergeを使用すると、結果のオブジェクトで重複が発生しますが、基本的には次のようになります。

JSBin 違いを説明するために：

var dest = {
  p: { x: 10, y: 20},
};

var src = {
  p: { x: 20, z: 30},
};

console.log(_.merge(dest, src)); 
/*
[object Object] {
  p: [object Object] {
    x: 20,
    y: 20,
    z: 30
  }
}
*/

console.log(_.extend(dest, src));
/*
[object Object] {
  p: [object Object] {
    x: 20,
    z: 30
  }
}
*/