マングースの深い人口

たぶんこれだけ。

.populate('latestPost')は必要ないと思います 次の.populate()として latestPostの入力に注意する必要があります 。多分それは次のものを妨害しています。

User.findOne({ _id: req.user.id }).populate({ 
    path: 'latestPost',
    model: 'Post',
    populate: {
        path: 'author',
        model: 'User'
    }
}).exec(function (err, user) {

});