Spring Data MongoDB-Mongoコレクションのインデックスをプログラムで作成する場所はどこですか？

プログラムで行う必要がある場合は、新しいSpringの@Configurationを作成して、そのような初期化を実行できます。

@Configuration
@DependsOn("mongoTemplate")
public class CollectionsConfig {

    @Autowired
    private MongoTemplate mongoTemplate;

    @PostConstruct
    public void initIndexes() {
        mongoTemplate.indexOps("collectionName") // collection name string or .class
            .ensureIndex(
                new Index().on("name", Sort.Direction.ASC)
        );
    }
}