DateオブジェクトでgetTime()を使用して、ミリ秒単位で差を取得し、差を1000で割ることができます。
例:
now = new Date();
current_date = new Date(now.getUTCFullYear(), now.getUTCMonth(), now.getUTCDate(), now.getUTCHours(), now.getUTCMinutes(), now.getUTCSeconds());
end_date = obj.end_date (Mon, 02 Apr 2012 20:16:35 GMT);
var millisDiff = end_date.getTime() - current_date.getTime();
console.log(millisDiff / 1000);