MongoDBは現在パーティションをサポートしていません。これを機能として追加するためのJIRAチケットがあります（ SERVER -2097 。
1つの解決策は、パーティションを作成するのと同じように、複数の時間ベースのコレクションを活用し、コレクションを循環させることです。通常、これは、これらの時間ベースのコレクションの1つまたはいくつかのみをクエリする場合に行います。複数のコレクションを頻繁に読み取る必要がある場合は、ラッパーコードを追加して簡単にすることができます。
TTLインデックス もあります 、mongodサーバーのバックグラウンドスレッドを利用して削除を処理します。
_idによる削除は、いくつかの理由で遅い可能性があり、おそらく元の質問を超えてさらに調査する必要があります。