マングースクエリ：配列内のIDでオブジェクトを検索します

オブジェクト全体に関心がある場合は、単純なfindです。 ：

.find({"facebook.id":"<id>", "images.id":<image-id>})

結果の画像配列を減らす方法はないと思います。

画像配列内の単一の要素を更新するには、次を使用できます：

.update({"facebook.id":"<id>", "images.id":<image-id>}, {$set : {"images.$.main" :false} } );