私は同じ問題を扱っていました。
jarファイルを開くと、viewsフォルダーが埋め込まれていて、余分なフォルダーが予想よりも深いことがわかりました。次のバージョンで修正されるまで、十分に長く機能するはずです。
私のために働いたクイックソリューション：
#extract folder
jar xfv logstash-1.1.11.dev-flatjar.jar logstash/web/views
#move files around
cp -r logstash/web/views/views/ logstash/web/
rm -rf logstash/web/views/views
# push files in jar
jar uvf logstash-1.1.11.dev-flatjar.jar logstash/web/views/