ORA-00604：再帰SQLレベル1でエラーが発生しました

PreparedStatementだと思います 定義をループから引き出し、clearParametersを呼び出してループ内で再利用する必要があります ：

pstatement = db_connection.prepareStatement(PDSLnPConstants.UPSERT_SQL); // create a statement

for (Entry<Integer, LinkedHashMap<Integer, String>> entry : GUID_ID_MAPPING.entrySet()) {

    pstatement.setInt(1, entry.getKey());
    pstatement.setString(2, entry.getValue().get(PDSLnPConstants.CGUID_ID));
    pstatement.setString(3, entry.getValue().get(PDSLnPConstants.PGUID_ID));
    pstatement.setString(4, entry.getValue().get(PDSLnPConstants.SGUID_ID));
    pstatement.setString(5, entry.getValue().get(PDSLnPConstants.UID_ID));
    pstatement.setString(6, entry.getValue().get(PDSLnPConstants.ULOC_ID));
    pstatement.setString(7, entry.getValue().get(PDSLnPConstants.SLOC_ID));
    pstatement.setString(8, entry.getValue().get(PDSLnPConstants.PLOC_ID));
    pstatement.setString(9, entry.getValue().get(PDSLnPConstants.ALOC_ID));
    pstatement.setString(10, entry.getValue().get(PDSLnPConstants.SITE_ID));
    pstatement.executeUpdate();

    pstatement.clearParameters();

}

バッチ処理を調査することもできます（addBatch ）。テストしている場合は、既存の「開いている」カーソルがクリーンアップされるまで少し待つ必要があるかもしれません。