PDOでパスワードハッシュを使用してコードをより安全にするにはどうすればよいですか？

自分でやらないでください。独自のソルトを作成している場合は、間違っています 。それを処理するライブラリを使用する必要があります。

$dbh = new PDO(...);

$username = $_POST["username"];
$email = $_POST["email"];
$password = $_POST["password"];
$hash = password_hash($password, PASSWORD_DEFAULT);

$stmt = $dbh->prepare("insert into users set username=?, email=?, password=?");
$stmt->execute([$username, $email, $hash]);

そしてログイン時：

$sql = "SELECT * FROM users WHERE username = ?";
$stmt = $dbh->prepare($sql);
$result = $stmt->execute([$_POST['username']]);
$users = $result->fetchAll();
if (isset($users[0]) {
    if (password_verify($_POST['password'], $users[0]->password) {
        // valid login
    } else {
        // invalid password
    }
} else {
    // invalid username
}