それらをセミコロンで区切ることはできませんか?
Delete from messages where messageid = '1';
Delete from usersmessages where messageid = '1'
または
INNER JOIN
を使用するだけです 以下のように
DELETE messages , usersmessages FROM messages INNER JOIN usersmessages
WHERE messages.messageid= usersmessages.messageid and messages.messageid = '1'