mysqlでも同様のパフォーマンスの問題があり、 useServerPrepStmtsを設定することで解決しました。 およびrewriteBatchedStatements 接続URLのプロパティ。
Connection c = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://host:3306/db?useServerPrepStmts=false&rewriteBatchedStatements=true", "username", "password");