接続が機能しなかった理由を見つけました。これは、接続がポート8889に接続する必要があるときに、ポート8888に接続しようとしたためです。
$conn = new PDO("mysql:host=$servername;port=8889;dbname=AppDatabase", $username, $password);
これで問題は修正されましたが、サーバー名をlocalhostに変更してもエラーが発生します。
接続に失敗しました:SQLSTATE[HY000][2002]そのようなファイルまたはディレクトリはありません
ただし、サーバー名にIPアドレスを入力すると、正常に接続されます。