MySQLクライアント/サーバーのバージョンが5.6.xの場合、警告メッセージを回避する方法は、 mysql_config_editor ツール：
mysql_config_editor set --login-path=local --host=localhost --user=username --password
次に、シェルスクリプトで使用できます：
mysql --login-path=local -e "statement"
代わりに：
mysql -u username -p pass -e "statement"