LIMIT句に大きなオフセットを使用してMySQLクエリを高速化するにはどうすればよいですか？

おそらく、ターゲットテーブルのキーに関連するシーケンシャルキーを提供するインデックステーブルを作成できます。次に、このインデックステーブルをターゲットテーブルに結合し、where句を使用して、必要な行をより効率的に取得できます。

#create table to store sequences
CREATE TABLE seq (
   seq_no int not null auto_increment,
   id int not null,
   primary key(seq_no),
   unique(id)
);

#create the sequence
TRUNCATE seq;
INSERT INTO seq (id) SELECT id FROM mytable ORDER BY id;

#now get 1000 rows from offset 1000000
SELECT mytable.* 
FROM mytable 
INNER JOIN seq USING(id)
WHERE seq.seq_no BETWEEN 1000000 AND 1000999;