増分バックアップを実行する唯一の方法は、バイナリログを使用することです。完全バックアップ（InnoDBホットコピー）を実行する場合は他のオプションがありますが、増分とは、行われたすべてのトランザクションをログに記録する必要があることを意味します。
データをバックアップする理由を自問する必要があります。レプリケーション用のスレーブがあるので、バックアップは主に、誤って削除した場合にデータを元に戻すためのものだと思いますか？
おそらく1時間ごとにログをローテーションして、バックアップを取ります。つまり、復元するとデータは最大1時間前に残り、最後の完全なスナップショット以降の任意の時点に復元できます。