htmlエンティティをデータベースに保存しますか？または、取得時に変換しますか？

最も生の形式のデータをデータベースに保存することをお勧めします。これにより、そのデータを出力する方法と場所を選択する際に最も柔軟性があります。

パフォーマンスに問題がある場合は、このデータのHTML形式のバージョンを何らかの方法でキャッシュできます。時期尚早の最適化は悪いことであることを忘れないでください。