MySQLは組み込みデータベースではありません-それに関連する唯一のJARはJDBCドライバーです。インストールプロセスが必要であり、Javaを介してスクリプト化できる可能性がありますが、プロセスは、サポートする予定のJavaアプリケーションの外部で確実に機能します。つまり、Javaアプリケーションをオフにすることはできますが、MySQLサービス/デーモンは引き続き実行されます。
libmysqld のみ 埋め込み可能です。
組み込みデータベース（SQLite、Firebird）と、Javaで作成された組み込みデータベース（HSQL、Derby /）があります（以前は何と呼ばれていたか思い出せません）。 SQL Server Compact Editionは埋め込み可能ですが、SQL Server Express/MSDEは埋め込み可能ではないと思います。 Oracleに埋め込み可能なバージョンがあるかどうかはわかりません...