問題は、Mysqlとの通信に使用しているPHPアダプターにあります。私が見る限り、クエリ結果をフェッチするためにPDOアダプタを使用しています。ただし、このアダプターは分数秒（YYYY-MM-DD HH：MM：SS.F）をサポートしていません。
PDOアダプターはYYYY-MM-DDHH：MM：SSをサポートし、日時列の値をこの形式に自動的にフォーマットします。
これは、PDOアダプター自体のバグです。参考のために以下のリンクを見つけてください： http://grokbase.com/t/php/php-bugs/11524dvh68/php-bug-bug-54648-new-pdo-forces-format-of-datetime-fields