1つではなく2つの列で重複を見つける方法

2つのフィールドの間に複合キーを設定する必要があります。これには、行ごとに一意のstone_idとupcharge_titleが必要です。

既存の重複を見つける限り、これを試してください：

select   stone_id,
         upcharge_title,
         count(*)
from     your_table
group by stone_id,
         upcharge_title
having   count(*) > 1