このようにサブクエリでラップできます。問題は、MySQLがクエリを実行している行を更新できないことです。これにより、MySQLは一時テーブルを暗黙的に使用して、削除するIDを格納します。
DELETE FROM tasks
WHERE tasks.id IN
(
SELECT id FROM
(
SELECT tasks.id
FROM tasks
JOIN deadlines ON deadlines.id = deadline_id
WHERE DATE_ADD(tasks.created_at, INTERVAL deadlines.duration DAY) <= NOW()
) AS taskstodelete
)