データベースから返された日付のギャップを埋める-純粋なSQLソリューションは可能ですか？

はい、0から999までの数値のみを含む数値テーブル（単一列N）を作成することをお勧めします。これは、以下のようなクエリなど、さまざまな用途に使用できます。

SELECT COUNT(t.click_date) as clicks,
    DATE_FORMAT(adddate($start_date, interval N day), '%d %M %Y') as point 
FROM Numbers
LEFT JOIN tracking t
    ON t.click_date >= adddate($start_date, interval N day)
    and t.click_date < adddate($start_date, interval (N+1) day)
WHERE N between 0 and datediff($start_date, $end_date)
GROUP BY N

間違った形式を使用しています。大文字の場合Wは曜日によって低くならないため、'％W％M％Y' または'％d％M％Y' 月の日。 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/date-and-time-functions.html#function_date-format

GROUP BY DAY(FROM_UNIXTIME(click_date))を使用しています 「日」に注意してください 平日ではありませんが、 "％W" を表示しています（または表示しようとしています）。 （平日）-1つ選んでください。混ぜないでください。

注：以下のN1、N2、およびN3を組み合わせて、0〜999の可能な範囲を提供します

SELECT COUNT(t.click_date) as clicks,
    DATE_FORMAT(adddate($start_date, interval N day), '%d %M %Y') as point 
FROM (
    select N1 * 100 + N2 * 10 + N3 as N
    from (
    select 0 N1 union all select 1 union all select 2 union all
    select 3 union all select 4 union all select 5 union all
    select 6 union all select 7 union all
    select 8 union all select 9) N1
    cross join (
    select 0 N2 union all select 1 union all select 2 union all
    select 3 union all select 4 union all select 5 union all
    select 6 union all select 7 union all
    select 8 union all select 9) N2
    cross join (
    select 0 N3 union all select 1 union all select 2 union all
    select 3 union all select 4 union all select 5 union all
    select 6 union all select 7 union all
    select 8 union all select 9) N3
    ) Numbers
LEFT JOIN tracking t
    ON t.click_date >= adddate($start_date, interval N day)
    and t.click_date < adddate($start_date, interval (N+1) day)
WHERE N between 0 and datediff($start_date, $end_date)
GROUP BY N

編集＃2： まっすぐな日付テーブル

これをphpMyAdminの新しいウィンドウに配置するか、バッチとして実行します。 1900-01-01日からのすべての日付を含むDatesという名前のテーブルを作成します （またはスクリプトを変更して）2300-01-01に変更します （または変更）。

DROP PROCEDURE IF EXISTS FillDateTable;

delimiter //
CREATE PROCEDURE FillDateTable()
    LANGUAGE SQL
    NOT DETERMINISTIC
    CONTAINS SQL
    SQL SECURITY DEFINER
    COMMENT ''
BEGIN
  drop table if exists datetable;
  create table datetable (thedate datetime primary key, isweekday smallint);

  SET @x := date('1900-01-01');
  REPEAT 
    insert into datetable (thedate, isweekday) SELECT @x, case when dayofweek(@x) in (1,7) then 0 else 1 end;
    SET @x := date_add(@x, interval 1 day);
    UNTIL @x > date('2300-01-01') END REPEAT;
END//
delimiter ;

CALL FillDateTable;

このようなユーティリティテーブルを使用すると、クエリを実行できます

SELECT COUNT(t.click_date) as clicks,
    DATE_FORMAT(thedate, '%d %M %Y') as point 
FROM Dates
LEFT JOIN tracking t
    ON t.click_date >= thedate
    and t.click_date < adddate(thedate, interval 1 day)
WHERE thedate between $start_date and $end_date
GROUP BY thedate