ホストからプロシージャの作成または実行の許可が与えられていない場合は、PREPARE / EXECUTEを使用してスキーマをクエリすることで、これを行う別の方法を見つけたと思います。
SET @s = (SELECT IF(
(SELECT COUNT(*)
FROM INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS
WHERE table_name = 'table_name'
AND table_schema = DATABASE()
AND column_name = 'col_name'
) > 0,
"SELECT 1",
"ALTER TABLE table_name ADD col_name VARCHAR(100)"
));
PREPARE stmt FROM @s;
EXECUTE stmt;
DEALLOCATE PREPARE stmt;