これは、MYSQLがダウンしているか、接続中に間違ったホスト名を使用していることを意味している可能性があります。その理由として考えられるもう1つの理由は、phpとmysqlのソケット構成の違いである可能性があります。これは、mysqlconfigのエントリソケットを確認することで確認できます。ファイルとphpinfo（）の出力を見て、あなたはそれを比較する必要があります。または、マシン上の他の誰かがそのソケットを使用している可能性もあります。
PS。私の大げさな推測と同様に、コードを調べて、接続が常に正しく行われ、すべてのクエリも正しく行われることを確認してください。