mysqliで自動インクリメントとしてidを持つデータを挿入する適切な方法

適切な方法は、値を省略するか、NULLを割り当てることです。
この例で使用されている空の文字列は有効な値ではなく、厳密モードでは警告を発行します。

INSERT INTO comments VALUES (NULL, 'comment')
INSERT INTO comments (comment) VALUES ('comment')

すべて有効です。